Mucormicosis cutánea extensa: reporte de caso

La mucormicosis es una enfermedad oportunista causada por un grupo de hongos filamentosos del subfilo Mucormycotina, tiene una presentación clínica variada: rino-orbito-cerebral, pulmonar, cutánea, gastrointestinal, diseminada y de sitios poco frecuentes. La mucormicosis cutánea se presenta en el 19% de los casos. Se presenta un caso de mucormicosis cutánea extensa en un paciente adulto joven, luego de quemadura por sustancia desconocida y aplicación de emplastos medicinales herbales. Tras recibir curaciones en varias oportunidades en un establecimiento de salud fue referido a un hospital de nivel 3 donde se le realizó limpieza quirúrgica y administración de antibióticos por vía endovenosa, sin mejoría clínica. Se le realizó estudio histológico de la piel afectada, cuyo informe fue inflamación intensa mixta a nivel del tejido subcutáneo, con moderado predominio de granulocitos, focos de necrosis grasa en parches, con variable inflamación. En el interior de los adipocitos necróticos, se observaron algunas estructuras con morfología de hifas fúngicas anchas, de contorno irregular morfológicamente consistentes con mucor. El paciente recibió antifúngicos combinados con curas quirúrgicas del tejido afectado en varias oportunidades, sin detener progresión de la infección. El paciente falleció.

SUMMARY Mucormycosis is an opportunistic disease caused by a group of filamentous fungi of the subphylum Mucormycotina, it has a varied clinical presentation: rhino-orbito-cerebral, pulmonary, cutaneous, gastrointestinal, disseminated and with infrequent sites. Cutaneous mucormycosis occurs in 19% of cases. A case of extensive cutaneous mucormycosis is presented in a young adult patient, after a burn caused by an unknown substance and the application of herbal medicinal plasters. After receiving cures on several occasions in a health facility, he was referred to a level 3 hospital where he underwent surgical cleaning plus administration of intravenous antibiotics, without clinical improvement; A histological study of the affected skin was performed, where intense mixed inflammation is reported at the subcutaneous tissue level, with a moderate predominance of granulocytes; as well as foci of fat necrosis in patches, with variable inflammation. Inside the necrotic adipocytes, there are some structures with wide fungal hyphae morphology, with an irregular contour morphologically consistent with mucor. The patient received antifungals combined with surgical cures of the affected tissue on several occasions, without stopping the progression of the infection; patient dies.

Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2 / Standardization and validation of an in house RT-LAMP molecular test for the diagnosis of SARS-CoV-2

RESUMEN Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

ABSTRACT Objectives: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. Materials and methods: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. Results: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). Conclusions: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2 / Standardization and validation of an in house RT-LAMP molecular test for the diagnosis of SARS-CoV-2

RESUMEN Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

ABSTRACT Objectives: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. Materials and methods: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. Results: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). Conclusions: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

Colistina en el tratamiento de infecciones por pseudomonas aeruginosa y acinetobacter baumannii extensivamente resistentes (XDR) en un hospital de tercer nivel / Colistin-based treatment for extensively drug resistant (XDR) Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii infection at a third level hospital

Resumen Objetivo: Describir la respuesta clínica y mortalidad general de Colistina en infecciones por Pseudomonas XDR y Acinetobacter XDR en el Hospital Nacional Arzobispo Loayza in Lima, Peru. Métodos: Estudio observacional, descriptivo y retrospectivo. Se incluyeron los registros de pacientes > 18 años, desde junio del 2014 a junio del 2016, que tuvieron infección por Pseudomonas XDR o Acinetobacter XDR confirmada por cultivo, y que recibieron colistina. Se realizó análisis univariado de las características generales de los pacientes; un análisis bivariado con test de Chi2 , t-student o ANOVA según corresponda, y además se describió los factores asociados a mortalidad. Resultados. Se incluyeron 56 registros de pacientes, la mediana de la edad fue 46,5 [31,5 a 63,5]. El 48,2% tuvo un cultivo positivo para Pseudomonas XDR y el 51,8% para Acinetobacter XDR. La respuesta clínica favorable fue 85,7% a los 15 días y de 78,6% a los 30 días. La mortalidad intrahospitalaria a los 30 días fue 21,4%, la mortalidad en UCI fue de 30,8% y la nefrotoxicidad fue de 5,4%. Conclusiones. Colistina combinada con otro antimicrobiano tuvo una respuesta clínica favorable en infección por Pseudomonas XDR o Acinetobacter XDR.

Abstract Objective: To describe the clinical response and overall mortality of Colistin in infections by Pseudomonas XDR and Acinetobacter XDR at the Hospital Nacional Arzobispo Loayza in Lima, Peru. Methods: Observational, descriptive, retrospective study. Records of all patients > 18 years old, from June 2014 to June 2016, who had infection by Pseudomonas XDR or Acinetobacter XDR confirmed by culture, and who received colistin, were included. A univariate analysis of the general characteristics of the patients was performed; a bivariate analysis with a Chi2, t-student or ANOVA test as appropriate, and the factors associated with mortality were also determined. Results: 56 patient records were included; the median age was 46,5 [31,5 to 63,5]. The Culture was positive for Pseudomonas XDR in 48,2% and for Acinetobacter XDR in 51,8%. The favorable clinical response was 85,7% at 15 days and 78,6% at 30 days. In-hospital mortality at 30 days was 21,4%, ICU mortality was 30,8% and nephrotoxicity was 5,4%. Conclusions: Colistin combined with another antimicrobial had a favorable clinical response in infection with Pseudomonas XDR and Acinetobacter XDR.